اختلافات سياسي بين امويان و عباسيان و تقسيم شدن اسلام به فرقه هاي مختلف و ظهور عقايد مادي و نفوذ فلسفه يونان در کشورهاي اسلامي ، موجب پيدايش يک نهضت علمي گرديد .
نهضتي که پايه هاي آن بر حقايق مسلم استوار بود . چنين نهضتي الزم بود ، تا هم حقايق ديني را از ميان خرافات و موهو مات و احاديث جعلي بيرون کشد و هم در برابر زنديقها و ماديها با نيروي منطق و قدرت استدلال مقاومت کند و آراء سست آنها را محکوم سازد .
گفتگوهاي علمي و مناظرات آن حضرت با افراد دهري و مادي مانند ابن ابي العوجا و ابو شاکر ديصاني و حتي ابن مقفع معروف است . به وجود آمدن چنين نهضت علمي در محيط آشفته و تاريک آن عصر ، کار هر کسي نبود ، فقط کسي شايسته اين مقام بزرگ بود که مأموريت الهي داشته باشد و از جانب خدا پشتيباني شود ، تا بتواند به نيروي الهام و پاکي نفس و تقوا وجود خود را به مبدأ غيب ارتباط دهد ، حقايق علمي را از درياي بيکران علم الهي به دست آورد ، و در دسترس استفاده گوهرشناسان حقيقت قرار دهد .
تنها وجود گرامي حضرت صادق (ع) مي توانست چنين مقامي داشته باشد ، تنها امام صادق (ع) بود که با کناره گيري از سياست و جنجالهاي سياسي از آغاز امامت در نشر معارف اسلام و گسترش قوانين و احاديث راستين دين مبين و تبليغ احکام و تعليم و تربيت مسلمانان کمر همت بر ميان بست . زمان امام صادق (ع) در حقيقت عصر طلايي دانش و ترويج احکام و تربيت شاگرداني بود که هر يک مشعل نوراني علم را به گوشه و کنار بردند و در خودشناسي و خداشناسي مانند استاد بزرگ و امام بزرگوار خود در هدايت مردم کوشيدند . در همين دوران درخشان - در برابر فلسفه يونان - کلام و حکمت اسلامي رشد کرد و فلاسفه و حکماي بزرگي در اسلام پرورش يافتند . همزمان با نهضت علمي و پيشرفت دانش بوسيله حضرت صادق (ع) در مدينه ، منصور خليفه عباسي که از راه کينه و حسد ، به فکر ايجاد مکتب ديگري افتاد که هم بتواند در برابر مکتب جعفري استقلال علمي داشته باشد و هم مردم را سرگرم نمايد و از خوشه چيني از محضر امام (ع) بازدارد .
بدين جهت منصور مدرسه اي در محله کرخ بغداد تأسيس نمود . منصور در اين مدرسه از وجود ابو حنيفه در مسائل فقهي استفاده نمود و کتب علمي و فلسفي را هم دستور داد از هند و يونان آوردند و ترجمه نمودند ، و نيز مالک را - که رئيس فرقه مالکي است - بر مسند فقه نشاند ، ولي اين مکتبها نتوانستند وظيفه ارشاد خود را چنانکه بايد انجام دهند . امام صادق (ع) مسائل فقهي و علمي و کلامي را که پراکنده بود ، به صورت منظم درآورد ، و در هر رشته از علوم و فنون شاگردان زيادي تربيت فرمود که باعث گسترش معارف اسلامي در جهان گرديد . دانش گستري امام (ع) در رشته هاي مختلف فقه ، فلسفه و کلام و علوم طبيعي و … آغاز شد . فقه جعفري همان فقه محمدي يا دستورهاي ديني است که از سوي خدا به پيغمبر بزرگوارش از طريق قرآن و وحي رسيده است . بر خلاف ساير فرقه ها که بر مبناي عقيده و رأي و نظر خود مطالبي را کم و زياد مي کردند ، فقه جعفري توضيح و بيان همان اصول و فروعي بود که در مکتب اسلام از آغاز مطرح بوده است . ابو حنيفه رئيس فرقه حنفي درباره امام صادق (ع) گفت : من فقيه تر از جعفر الصادق کسي را نديده ام و نمي شناسم . فتواي بزرگترين فقيه جهان تسنن شيخ محمد شلتوت ريس دانشگاه الازهر مصر که با کمال صراحت عمل به فقه جعفري را مانند مذاهب ديگر اهل سنت جايز دانست - در روزگار ما - خود اعترافي است بر استواري فقه جعفري و حتي برتري آن بر مذاهب ديگر . و اينها نتيجه کار و عمل آن روز امام صادق (ع) است .
در رشته فلسفه و حکمت حضرت صادق (ع) هميشه با اصحاب و حتي کساني که از دين و اعتقاد به خدا دور بودند مناظراتي داشته است . نمونه اي از بيانات امام (ع) که در اثبات وجود خداوند حکيم است ، به يکي از شاگردان و اصحاب خود به نام مفضل بن عمر فرمود که در کتابي به نام توحيد مفضل هم اکنون در دست است . مناظرات امام صادق (ع) با طبيب هندي که موضوع کتاب “اهليلجه” است نيز نکات حکمت آموز بسياري دارد که گوشه اي از درياي بيکران علم امام صادق (ع) است . براي شناسايي استاد معمولا دو راه داريم ، يکي شناختن آثار و کلمات او ، دوم شناختن شاگردان و تربيت شدگان مکتبش . کلمات و آثار و احاديث زيادي از حضرت صادق (ع) نقل شده است که ما حتي قطرهاي از دريا را نمي توانيم به دست دهيم مگر نمي از يمي . اما شاگردان آن حضرت هم بيش از چهار هزار بوده اند ، يکي از آنها جابر بن حيان است . جابر از مردم خراسان بود . پدرش در طوس به دارو فروشي مشغول بود که به وسيله طرفداران بني اميه به قتل رسيد . جابر بن حيان پس از قتل پدرش به مدينه آمد . ابتدا در نزد امام محمد باقر (ع) و سپس نزد امام صادق (ع) شاگردي کرد . جابر يکي از افراد عجيب روزگار و از نوابغ بزرگ جهان اسلام است .
در تمام علوم و فنون مخصوصا در علم شيمي تأليفات زيادي دارد ، و در رساله هاي خود همه جا نقل مي کند که (جعفر بن محمد) به من چنين گفت يا تعليم داد يا حديث کرد . از اکتشافات او اسيد ازتيک (تيزاب) و تيزاب سلطاني و الکل است . وي چند فلز و شبه فلز را در زمان خود کشف کرد . در دوران رنسانس اروپا در حدود ۳۰۰ رساله از جابر به زبان آلماني چاپ و ترجمه شده که در کتابخانه هاي برلين و پاريس ضبط است .
